Aptamer

Aptamerler, spesifik hedef moleküllerine bağlanabilen peptid molekülleri veya oligonükleik asitlerdir. Aptamerler genelde rastgele düzenlenmiş geniş havuzlardaki dizilerden oluşturulmuştur ve mRNA'nın yapısında da bulunur. Aptamerler temel araştırmalar ve klinik amaçlar için makromoleküler ilaçlar olarak kullanılabilir.

Aptamerler aşağıdaki gibi sınıflandırılabilirler.

• DNA veya RNA aptamerleri, genelde kısa oligonukleit dizileri içerirler.
• Peptid aptamerleri, kısa değişken peptid domainleri içerir, protein scafffoldunun iki tarafından tutunurlar.

DNA ve RNA aptamerleri

Aptamerler, laboratuvarda düzenlenmiş birer nükleik asit çeşididir ve SELEX (İngilizce: systematic evolution of ligands by exponential enrichment) yöntemiyle oluşturulurlar. Bu yöntem yinelemeli bir işlemden oluşur. Başlangıç kütüphanesi PCR ile çoğaltılır ve RNA'ya transkribe edilir. Hedefe spesifik RNA hedef molekülle ilişkiye sokularak belirlenir ve sıkı bağlanan RNA molekülü ortamdan alınarak cDNA'ya ters transkribe edilir. Bunun ardından, çift sarmal DNA, PCR ile çoğaltılır. Bu zenginleşitirilmiş bağlanma dizileri tekrar RNA'ya transkribe edilir. Bu operasyon 5 ile 12 arası tekrarlanarak hedef moleküle en sıkı bağlanan RNA seçilmiş olur. Aptamerler, başta küçük moleküller olmak üzere proteinler, nükleik asitler, hücreler, dokular ve organlara bağlanabilir. Aptamerler, biyoteknolojide ve tedavisel uygulamalarda bazı molekülleri (örneğin; biomolekül, antikor) tanımlama özellikleri sebebiyle kullanılır. Ayrıca çabuk sentezlenmeleri ve bir deney tüpünde bile elde edilebilmeleri açısından yaygındırlar.

Peptid aptamerleri

Peptid aptamerleri, hücre içinde diğer protein ilişkilerinin engellenmesi için oluşturulmuş protein yapılardır. Çifte sarmal yapıdan oluşur, bu sarmal yapı bağlanma affinitesini çok yüksek seviyelere taşır.

Kullanım alanları:

• Tedavi amaçlı
• Hedef onaylama
• İlaç seçimi
• Yakınlık ayrımı
• Diagnostik ve biosensörler

Kaynakça

• http://www.people.cornell.edu/pages/yc224/aptamer.htm 1 Nisan 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.