Fenerbahçe (kadın voleybol takımı) 2012-13 sezonunda zayıflamış bir kadroyla mücadele etti. Türkiye Kadınlar Voleybol Ligi'nde sezonu dördüncü bitirdi ve play-off'ta yarı finalde elendi. Takım ayrıca Avrupa Kadınlar CEV Kupası'nda ilk kez final oynadıysa da ikincilikte kaldı.
Wroclaw'daki dörtlü turnuvanın son maçında evsahibi takımı 2-0'lık yenilgiden 3-2 yenen Fenerbahçe ikinci olurken, sarı-lacivertli oyuncu Kim Yeon-koung turnuvanın en skorer oyuncusu oldu.
Fenerbahçe, 2012 yılında düzenlenen Dünya Kulüplerarası Bayanlar Voleybol Şampiyonası'na Avrupa Şampiyonu unvanıyla katıldı.
Turnuvaya Fenerbahçe'nin yanı sıra, Afrika‚ Asya‚ Kuzey ve Güney Amerika kıtalarının şampiyonları ve 2011 Dünya Kulüplerarası şampiyonu Rabita Bakü iştirak etti.
Grup maçlarını set vermeden lider olarak geçen Fenerbahçe, yarı finalde 2011 yılının şampiyonu Rabita Bakü'ye yenilerek şampiyonluk şansını kaçırdı. Grup maçlarında yendiği Porto Rikolu rakibini üçüncülük-dördüncülük karşılaşmasında aynı sonuçla 3-0'la geçen sarı-lacivertliler Dünya üçüncüsü oldular.
Fenerbahçe 1. turdaki Ukraynalı rakibini deplasmanda 3-1 yenmesine rağmen, evindeki maçı 3-2 kaybetti. Statü gereği oynanan altın seti 15-9 kazanan sarı-lacivertliler tur atladılar.
Yarı finalde Fenerbahçe bu defa Rus rakibi karşısında altın setle tur atladı. İlk maçı 3-0 kazanan sar-lacivertliler ikinci maçı aynı sonuçla kaybedince maç altın sete gitti. Bu seti 15-11 önde tamamlayan Fenerbahçe finale yükseldi.
Fenerbahçe genç kadınlar voleybol takımı Türkiye Gençler Ligi'nde 11 maçta 7 galibiyet 4 mağlubiyetle ve 26 set alıp 14 set vererek 23 puanla dördüncü oldu. Sarı-lacivertliler İstanbul Ligi'nde ise yedinci oldu.